Empezó su construcción en 1863 y fue terminada en 1864. Fue construida con piedras nacionales, provenientes de la cantera de Bohío Soldado, un caserío que surgió a orillas del río Chagres, bajo la dirección del ingeniero James Renwick de Nueva York, bajo la supervisión de la Compañía del Ferrocarril de Panamá, bajo un diseño gótico victoriano.
De ideología política liberal, Prestán perteneció al grupo radical que se opuso a la segunda administración de Rafael Núñez, cuya maquinaciones políticas dieron al traste con la Constitución de Río Negro y convirtieron al Istmo de Panamá, de Estado soberano en un Departamento más de Colombia. Pedro Prestán encabeza en la ciudad de Colón el movimiento revolucionario contra el régimen Nuñista, y fue de hecho, jefe civil y militar de la plaza en el rango de general, desde el 17 hasta el 31 de marzo de 1885.
En 1852 el gobierno local colombiano bautizó el área con el nombre de Ciudad de Colón en honor a Cristóbal Colón pero a insistencia de los que crearon la ciudad, se mantuvo el nombre de Aspinwall hasta 1890 cuando el gobierno colombiano decidió no recibir correspondencia alguna con esa designación. Desde ese entonces el nombre oficial y usual ha sido el de Colón.