La población Cueva fue diezmada desde principios del siglo XVI, por los continuos enfrentamientos con los españoles, por los trabajos forzados, pero principalmente por la introducción de enfermedades infecto-contagiosas que portaban los españoles y frente a las cuales no había inmunidad genética en la población nativa.
Cuando Pedrarias arribó a Santa María el poblado estaba habitado por unos 500 españoles con unos 1500 indios como esclavos. Según Gonzalo Fernández de Oviedo se trataba de una “muy gentil población y con un hermoso rio que pasa pegado a las casas de la ciudad, de muy buena agua y de muy buenos pescados”.
Durante la época colonial a estos aborígenes tanto a la etnia embera y a la etnia Wounaan se les conocía con otros nombres, tales como: citares, zirambiraes, citabiraes, chocoes y otros. Entraron al istmo alrededor del siglo XVIII procedentes de la región del Chocó en Colombia. Los últimos estudios indican que antes de la llegada de Colón ocupaban probablemente hasta las tierras del Brasil