Los inicios de Copa Airlines se remontan a los años 40, específicamente el día 5 de mayo de 1947 cuando empezó a operar con el nombre de Compañía Panameña de Aviación. Copa se estableció el 21 de junio de 1947 y se fundó gracias a la hoy desaparecida aerolínea internacional Pan Am.
El primer vuelo de la Compañía Panameña de Aviación se llevó a cabo el día 19 de mayo de 1947, el cual abarcó la ruta interna de Ciudad de Panamá– David. En ese entonces realizaba vuelos a 3 ciudades panameños con modelo de aviones Douglas DC-3/C47. Para 1966 efectuaban tres viajes semanales a la ciudad de San José, Costa Rica, lo que convirtió al vecino país como el primer destino internacional de Copa.
En el año 1969, la empresa adquiere el modelo de avión AVRO 748 para hacer vuelos hasta Barranquilla (Colombia), Managua (Nicaragua) y Kingston (Jamaica). Durante los años 70, ciudades como Cartagena, Ciudad de Guatemala, San Salvador y Medellín se añaden a la listade rutas.
Para la década de 1980, Copa da el gran paso de abandonar los vuelos nacionales para empezar a expandirse de manera internacional, hecho que se consolida en 1992 al establecerse el primer centro de conexiones de vuelos latinoamericanos en el Aeropuerto Internacional de Tocumen. Con esto se crea el conocido “Hub de las Américas”.
En 1998, Continental Airlines obtiene de Copa el 49% de sus acciones, lo que dio comienzo a una alianza entre estas dos compañías y permitió que Copa aumentara su flota de aviones con el modelo Boeing. Al año siguiente, actualiza su imagen como Copa Airlines y en 2005 empieza a cotizar en la Bolsa de Valores de Nueva York. Desde entonces ha venido ampliando sus destinos y flotas de aviones, lo que la ha convertido en una de las aerolíneas de mayor éxito en el continente americano.