El significado de Darién se origina en la lengua hablada por los indígenas Cueva, una tribu indígena que fue exterminada por los Conquistadores a lo largo del siglo XVI. Precisamente del nombre Tanel o Tanela, río que desemboca en la margen izquierda del bajo Atrato. El río Tanela (el Aluka Tiwal de los nativos), españolizado y degenerado por la pronunciación, quedó con el nombre de Darién. Con este nombre se designó a la región en donde se asentaron y a las diferentes comunidades indígenas que allí estaban o se establecieron. Posteriormente fue el nombre con que se conoció el río Atrato. Cabe señalar que el establecimiento español Santa María la Antigua del Darién, primera ciudad fundada en Tierra Firme tomó su nombre de este río. Posteriormente se designó a toda la región con este nombre, y definió los límites con el Urabá.
Historia
En 1508 la Corona resolvió colonizar el llamado Reino de Tierra Firme; el área escogida comprendía desde el cabo, al oeste en América Central (en los actuales límites entre Nicaragua y Honduras), hasta el cabo de la Vela en Colombia, por el este.
Las provincias en que se dividió Tierra Firme fueron: Nueva Andalucía, la cual comprendida entre el río Atrato en el golfo de Urabá y el cabo de la Vela, en Colombia; y la Gobernación de Veragua, que se extendía desde el río Atrato hasta el cabo Gracias a Dios en América Central. El Gobernador de Nueva Andalucía fue Alonso de Ojeda y el Gobernador de Veragua fue Diego de Nicuesa, quien pasó a ser el Primer Gobernador del Istmo de Panamá, ya que su vertiente norte estaba incluido en la provincia bajo su jurisdicción. Por otra parte, Diego de Nicuesa fundó el poblado de Nombre de Dios en 1510.
El bachiller Martín Fernández de Enciso fundó Santa María la Antigua del Darién, al oeste del golfo de Urabá en septiembre de 1510, por insinuación de Vasco Núñez de Balboa, quien conocía esas tierras por haber llegado a ellas con Rodrigo de Bastidas. El 1 de septiembre de 1513 Vasco Núñez de Balboa, ejerciendo como gobernador interino en la región, decide explorar territorios hacia el sur, y logra encontrarse con el Mar del Sur con 190 españoles y mil indígenas. Logró observar este océano el 25 de septiembre de 1513 y tomó posesión del mismo, el 29 de septiembre de ese año, en el Golfo de San Miguel.
En 1513 Pedro Arias de Ávila fue nombrado gobernador y capitán general de la nueva provincia de Castilla del Oro (próxima a la Gobernación de Veragua) y localizada entre la parte norte de Colombia, Panamá y los territorios de la vertiente sur recién descubierta por Vasco Núñez de Balboa (Mar del Sur), quien lo reconoció como nuevo gobernador. Asumió el cargo en 1514, a pesar de contar ya entonces con unos 64 años de edad, estableciendo a Santa María la Antigua del Darién como capital de la nueva provincia. En enero de1519 acusa de traición a Vasco Núñez de Balboa y lo ejecuta en el poblado de Acla; luego, en agosto de 1519 funda la ciudad de Panamá en su primitivo asiento (actualmente llamada Panamá la Vieja), adonde trasladó la capital.
A finales del siglo XVII hubo un proyecto colonizador escocés en el istmo de Panamá, específicamente en la bahía de Caledonia (Darién), donde emerge la figura del visionario William Paterson como el eje central de la infructuosa empresa. El intento colonizador de la «Company of Scotland Trading to Africa and the Indies» se enmarca dentro del conflicto de intereses entre España y las demás potencias europeas, a partir del siglo XVI como reacción al Tratado de Tordesillas (1494). El 14 de julio de 1698, Paterson partió con una expedición de alrededor 1.200 personas a bordo de cinco naves (Saint Andrew, Caledonia, Unicorn, Dolphin y Endeavour) desde Leith, Escocia. Los expedicionarios desembarcaron el 30 de octubre de 1698 en la bahía arenosa de Anachucuna en el norte del Darién y muy cerca de la llamada Isla de Oro. Celebraron un “tratado de alianza y amistad” con un líder indígena y fundaron en la antigua Acla la colonia que denominaron Nueva Caledonia. Resistieron una fuerza española que intentó enfrentarlos. Sin embargo, el clima malsano y las condiciones de insalubridad, propias de esa región, rápidamente fueron diezmando a los miembros de la expedición. En consecuencia, en junio de 1699 los escoceses se vieron obligados a abandonar Nueva Caledonia, pese a las protestas de Patterson. Se replegaron a Jamaica.
Una segunda expedición partió de Escocia el 24 de septiembre de 1699 del puerto del río Clyde con cuatro barcos: el Rising Sun, el Hamilton, el Hope of Boroughstonness y el Company´s Hope. Tenía una tripulación total era de mil trescientos hombres. El 30 de noviembre de 1699 arribaron a salvo al puerto de Caledonia. Sin embargo, este nuevo intento encontró una resistencia mucho mayor por parte de las fuerzas españolas y se vieron constantemente asediados y superados numéricamente y sin apoyo exterior hasta que, el 28 de marzo de 1700, solicitaron al jefe militar español se establecieran las condiciones para la rendición.
Durante la época de anexión a Colombia, por Ley 23 de julio de 1824, el congreso de Colombia suprimió la alcaldía mayor del Darién y creó el "Cantón del Darién", incorporado a la provincia de Panamá. En 1846 fue creado el Territorio nacional del Darién con el área del cantón antes mencionado, pero fue suprimido en 1850.
En 1855, al establecerse el Estado Federal de Panamá, se dividió el territorio panameño en departamentos y comarcas. Se estableció entonces la comarca del Darién, con Yaviza como cabecera; en 1890, la cabecera se trasladó a Chepigana. Con la separación de Panamá de Colombia en 1903, Darién conservó su título de comarca.
La Ley Nº 22 del 27 de diciembre de 1922 creó la provincia de Darién, dividida en 2 distritos (Chepigana y Pinogana), teniendo como cabecera a La Palma. Posteriormente, la Ley N° 22 del 8 de noviembre de 1983, crea la comarca Emberá de Darién, Gaceta Oficial N° 19.976, del 17 de enero de 1984 y el Decreto Ejecutivo N° 84 del 9 de abril de 1999, del Ministerio de Gobierno y Justicia, dicta la Carta Orgánica Administrativa de la comarca Emberá-Wounaan de Darién, en la Gaceta Oficial N° 23.776, del 16 de abril de 1999.
La comarca Kuna de Wargandi, fue creada mediante la Ley N°34, del 25 de julio de 2000, en un área geográfica segregada de los distritos de Chepigana y Pinogana, en la Provincia de Darién, con una superficie de 77.500 hectáreas.