Escudo de armas de Nombre de Dios - 7 diciembre 1519
Durante el recorrido efectuado en 1515 por el Capitán ANTONIO TELLO DE GUZMAN, luego de atravesar las selvas del Darién, en la parte occidental se encontró a orillas del recién conocido Mar del Sur, un caserío de indígenas de pescadores.
A fin de continuar con la obra conquistadora, el Gobernador PEDRARIAS DAVILA dispuso crear una ciudad a orillas de ese mar, que sirviera de base para los descubrimientos marinos hacia el occidente.
A tales efectos, GASPAR DE ESPINOZA recorre nuevamente las costas que van desde el Darién hasta el caserío, mientras el propio PEDRARIAS cruza el Istmo, a través de la selva del Darién, llegando hasta el Golfo de San Miguel (descubierto por BALBOA), a la Isla del Rey en el Archipiélago de Las Perlas, hasta la isla de Taboga. Ambos se encuentran en el caserío de pascadores de Panamá.
En la mañana del 15 de agosto de 1519, día de la Asunción, con todo el ceremonial protocolario, se funda una ciudad, en nombre de la Reina JUANA DE CASTILLA y de su hijo, el Rey CARLOS, a la cual se le da al nombre de Nuestra Señora de la Asunción de Panamá.
El gobernador ordenó levantar un rollo o picota, símbolo de la justicia real, de donde hizo leer la Real Cédula que le autorizaba levantar una población en la ribera del Mar del Sur.
Se conformó el primer cabildo de la ciudad, compuesta por GONZALO DE BADAJOZ, RODRIGO ENRIQUE DE COLMENARES, ROGEL DE LOIRA, PASCUAL DE ANDAGOYA, MARTIN ESTETE, BARTOLOME HURTADO, LUIS DE LA ROCHA y FRANCISCO GOMEZ. El gobernador designó al Licenciado HERNANDO DE SELAYA como su Teniente Gobernador y Alcalde Mayor de la ciudad.
El Rey Emperador CARLOS V, confirmó los nombramientos y les otorgó el título de Veinticuatro, nombre otorgado a los regidores de los cabildos de Sevilla, Córdoba y otras pocas ciudades españolas.
El 15 de septiembre de 1521, el Rey CARLOS V mediante Real Cédula expedida en Burgos, otorgó a la población de Panamá, el título de Ciudad y un escudo de armas. Posteriormente, mediante Real Cédula expedida en Lisboa el 3 de diciembre de 1581, FELIPE II le otorgó el título de "Muy Noble y Leal Ciudad", en agradecimiento por los servicios prestado contra rebeldes a la Corona.
A finales de 1519, se ordenó al capitán DIEGO DE ALBITRES que poblara nuevamente a Nombre de Dios, fundada por DIEGO DE NICUESA, a fin de contar con un una población que sirviera de base en el norte del Istmo, toda vez que Acla no brindaba las facilidades adecuadas. Mediante Real Cédula de 1537, el Emperador CARLOS V otorgó a Nombre de Dios el título de "ciudad", y el 7 de diciembre de ese mismo año, le otorgó un escudo de armas con la divisa "In nómine meo foveat me" (Ayúdame en mi nombre).
Entre ambas ciudades, ubicada cada una en el Atlántico y el Pacífico, se estableció un "Camino Real" para el transporte de las diversas especies que pasaban por el Istmo.
El Gobernador dispuso pasar a las nuevas ciudades, los habitantes y haberes de Acla y Santa María de La Antigua. De igual forma, se dispuso pasar a Panamá la sede del Darién, lo que efectuó el Obispo Fray VICENTE PEDRAZA, según lo autorizó el Papa LEON X, mediante Breve "Apostolatum Officium" de 7 de diciembre de 1520.
Pronto se consideró que el lugar escogido para fundar la ciudad de Panamá no era adecuado. En 1531 la Corona ordenó al Gobernador ANTONIO DE LA GAMA que trasladara la ciudad a un sitio más salubre, lo que fue reiterado por CARLOS V en Real Cédula expedida en Toledo el 7 de marzo de 1534. No obstante, el nuevo Gobernador, FRANCISCO DE BARRIONUEVO reunió al cabildo de Panamá el 26 de septiembre de 1535, donde sus miembros estuvieron en desacuerdo con la orden de la Corona, alegando que el Rey había sido mal informado, y que al momento de su fundación, se tomaron en consideración todos los sitios, puertos y ríos que la Corona deseaba se consideraran.
En 1591, JUAN DE TEXEDA y el ingeniero BAUTISTA ANTONELLI opinaron que la ciudad presentaba desventajas naturales, por lo que recomendaron su traslado a las orillas del Río Grande, alegando que el lugar era malsano en razón de que allí mueren todas las aguas que llueven y muy cerca, existían unas ciénagas de agua que en los días soleados, las mismas se pudren y expiden malos vapores a la ciudad, lo que causa calentura. De igual forma, no existen otras aguas que las que vienen del Río de Las Lavanderas (hoy Juan Díaz) la cual está a una gran distancia de la ciudad y en tiempo de verano, se suele secar. También se consideró que el puerto de Panamá era poco profundo y la Bahía se estaba cegando con rapidez, hasta el punto que incluso, los botes pequeños encontraban dificultad. Se utilizó el puerto de Perico, ubicado frente a la desembocadura del Río Grande y del Cerro Ancón.