El avistamiento de las primeras tierras que hoy forman parte de Colón se dio a principios del siglo XVI, durante el cuarto y último viaje de Cristóbal Colón cuando arribó a la bahía de Portobelo el 2 de noviembre de 1502.
Desde finales de la década de 1590, Portobelo empezó a ser usada como asentamiento de sus primeros habitantes, siendo fundada el 20 de marzo de 1597 por el conquistador español Francisco Velarde y Mercado.
De manera gradual, Portobelo se fue transformando en uno de los poblados más vitales del continente americano. Su puerto natural y ubicación permitían que fuera punto de tránsito de gran parte de las riquezas (oro y plata más que todo) que los españoles enviaban a España. Este constante tránsito y manejo de mercancías convirtió a Portobelo en un blanco de los piratas ingleses que buscaban saquearla a como dé lugar. El paso del tiempo y los diferentes saqueos sufridos (sobre todo el saqueo del 21 de noviembre de 1739) dejó en evidencia lo indefenso que era el asentamiento español. Esto llevó a que los comerciantes empezaran a usar otras rutas de navegación que fueran más seguras, resintiéndose así la economía de Portobelo. A mediados del siglo XIX es que toma lugar la fundación de la ciudad de Colón. La misma se da debido a la construcción del Ferrocarril de Panamá.
El 2 de mayo de 1850, se iniciaron los trabajos de la construcción del ferrocarril. Llegaron trabajadores procedentes principalmente del Caribe (Martinica, Guadalupe, Trinidad y Tobago, Jamaica), Asia, España y Nueva Orleans. Con su llegada, se empezaron a construir las primeras calles y barracas de Colón. La influencia cultural antillana en la zona atlántica fue tan marcada que empezó a ser conocida como “la pequeña Jamaica”.
La nueva ciudad se fundó de modo formal el 27 de febrero de 1852 (otras fuentes señalan que fue el día 29). En 1855, se constituyó la provincia de Colón siendo su capital la ciudad homónima.
Si bien el gobierno local eligió llamar Colón a la ciudad, los estadounidenses optaron por Aspinwall en honor a William Henry Aspinwall, empresario que era el líder de la Compañía del Ferrocarril de Panamá. Era claro que con el pasar de los años el dilema del nombre debía ser aclarado, ya que los pobladores y las autoridades se oponían a llamarlo como Aspinwall, mientras que los norteamericanos se mantenían firmes en usar dicho nombre. El asunto vino a ser resuelto en la década de 1890 cuando el gobierno de Colombia ordenó explícitamente a sus carteros devolver todo correo que estuviera destinado a Aspinwall. Esto forzó a los estadounidenses a emplear el nombre Colón.
La ciudad atlántica fue parte crucial en la separación de Panamá de Colombia el 5 de noviembre de 1903. Ese día se aseguró el movimiento separatista de la nueva república panameña cuando 500 militares colombianos no pudieron trasladarse desde Colón a Ciudad de Panamá.
A comienzos del siglo XX, la población de Colón se calculaba en más de 3 mil habitantes, cifra que se incrementó con el arribo de trabajadores extranjeros de la construcción del canal. El 17 de junio de 1948, se crea la Zona Libre de Colón, considerada la zona franca más grande de América y la segunda de todo el mundo (después de Hong Kong). Tiene la distinción de ser el primer centro de contenedores de Latinoamérica. En la actualidad, Colón posee el sistema portuario más grande de América Latina. Lastimosamente, Colón tiene en su haber antecedentes de incendios que la han puesto en peligro a lo largo de su existencia.